"W Koszmarze Darwina próbowałem historię dziwnego sukcesu okonia oraz efemerycznego "boomu gospodarczego", który zaistniał wokół tego "najlepiej przystosowanego" stworzenia, przemienić w rodzaj przerażającej alegorii na temat tak zwanego Nowego Porządku Światowego. Takich samych obserwacji mogliśmy dokonać w Sierra Leone, gdzie zamiast okonia byłby diament, w Hondurasie, skupiając się na bananach, w Libii, Nigerii czy Angoli. tam zamiast rybami, zajmowalibyśmy się ropą naftową".- mówi twórca filmu, Hubert Sauper

Koszmar Darwina to opowieść o ludziach z Północy i globalizacji, a także o pewnej rybie. Występują: młodzi rybacy, hinduscy właściciele fabryk, afrykańscy ministrowie, unijni komisarze, rosyjscy piloci i tanzańskie prostytutki.

W latach 60., w samym centrum Afryki w ramach naukowego eksperymentu do wód Jeziora Wiktorii wpuszczono pierwsze sztuki nowego gatunku ryby. W wyniku tych działań gwałtownie rosnąca populacja okonia nilowego doprowadziła do zagłady praktycznie wszystkich pozostałych gatunków zamieszkujących jezioro. Ten żarłoczny drapieżca rozmnażał się w tak oszałamiającym tempie, że dziś jego białe mięso eksportowane jest do wszystkich krajów świata. Olbrzymie samoloty towarowe, które niegdyś służyły Rosjanom, przylatują codziennie, aby odebrać ostatnie połowy, wymieniając je na kałasznikowy i amunicję, wykorzystywane w niezliczonych wojnach, które opanowały mroczne serce kontynentu. Rozkwit tego międzynarodowego konglomeratu żywieniowego i zbrojeniowego doprowadził do szatańskiego sojuszu, zawartego w imię globalizacji nad brzegami największego tropikalnego jeziora na planecie. Region Wielkich Jezior" to zielone, żyzne i bogate w surowce naturalne centrum Afryki. Jednocześnie jest to najprawdziwsze "jądro ciemności" naszej planety. Wojny domowe toczące się na tych terenach egzystują w swego rodzaju moralnej próżni, będąc przy tym najkrwawszymi konfliktami od czasów Drugiej Wojny Światowej.

W samym Kongu, liczba ofiar wojny równa się liczbie zabitych w nowojorskich atakach z 11 września. Tylko, że tutaj tylu ludzi ginie codziennie, przez cały rok. Jest czymś niesamowitym, że wszędzie tam gdzie odkrywa się podstawowe surowce, miejscowi nagle zaczynają umierać w ubóstwie, ich synowie trafiają do armii a córki zostają służącymi lub prostytutkami.

W filmie widzimy, że poszczególni beneficjenci tego zabójczego systemu nie są złymi ludźmi i zazwyczaj nie mają złych zamiarów. Niektórzy "jedynie wykonują swoją robotę" (latając samolotem z A do B i rozpylając napalm), niektórzy nie chcą niczego wiedzieć, a jeszcze inni po prostu walczą o przetrwanie. Sergiej, Dimond, Raphael, Eliza. to prawdziwi ludzie, którzy w doskonały sposób pokazują całą złożoność tego systemu, stanowiącego niezgłębioną tajemnicę.